RecodeX 重构消息，斯坦福大学X-lab与SNAP实验室联合发布蛋白质设计框架ProteoCraft，采用“提案—验证”搜索方案：先通过近似梯度给出序列修改方向，再用完整结构预测验证候选，并以两阶段蒙特卡洛树搜索兼顾多位置广泛探索与单点局部精修，支持蛋白质从头设计与限定区域局部改造。

多轮计算基准测试显示，其独立AF2-IG评估严格通过率达86.2%，相同候选预算下树搜索的高置信度通过率为Best-of-N对照的2.85倍；优化后的Big配置实现平均3.57倍端到端搜索加速，设计质量基本持平。

湿实验中，PD-L1微型蛋白设计35个成功表达候选中有29个结合命中，命中率82.9%，最佳候选SPR拟合Kd达0.879nM，命中序列多样性充足。团队还在IFNAR2靶点的微型蛋白、VHH纳米抗体设计及局部CDR改造任务中取得验证结果，并正基于该框架探索以功能为起点的免疫调控类蛋白质按需研发。